Ne znam zašto bi to radio? Ako su ti particije na tom disku NTFS, trebao si slobodno da ih ostaviš, jer Kubuntu može da čita i piše po njima bez ikakvih problema, nema potrebe za formatiranjem u Ext4.
A kada iksljučiš taj HDD, da li je onda sve u redu? Ako jeste probaj da ga povežeš dok ti je računar uključen.
Ili probaj da potražiš pomoć na zvaničnom sajtu i forumu (K)Ubuntu srpske zajednice:
http://www.ubuntu-rs.org/